A Nemzetstratégiai Kutatóintézet már alapításától kezdődően szervez országhatárokon átívelő Kárpát-medencei magyar szakmai és tudományos hálózatokat. Az Intézet kutatási és fejlesztési tevékenységei minden esetben e hálózatos együttműködés keretében alakulnak. Az Intézet által gondozott Kárpát-medencei kitekintésű munkák során ugyanis létfontosságú, hogy minden nemzetrészben támaszkodni lehessen helyismerettel rendelkező szakemberekre, akiknek gyakran tágabb nemzetközi beágyazottságuk is van.
Az egyik legfontosabb intézeti küldetés, a Kárpát-medencei magyarságkutatás csak ilyen hálózati kutatói infrastruktúrán tud kibontakozni. E hálózatnak törekedni kell minden olyan témakör megjelenítésére, amely nemzetstratégiai szempontból meghatározó. E témakörök palettája igen széles: a demográfiától kezdődően, a földrajzon, szociológián, oktatásügyön, közgazdaságtudományon, fejlesztéspolitikán át, sőt a klímaváltozáshoz kapcsolódó témakörökön keresztül, egészen a sport és kulturális élet kutatásáig és szervezéséig terjed.
A külhoni kutatói hálózat kiépítésének nagy lendületet adott a 2018–20-as időszakban az NSKI két európai uniós finanszírozású Kárpát-medencei kitekintésű kutatási projektje: a „Makroregionális kutatások a Kárpát-medencében a közösségfejlesztés és társadalmi felelősségvállalás megerősítése érdekében EFOP1.12.1-17-2017-00003” című projekt és az „Oktatási struktúrák Kárpát-medencei makroregionális együttműködését támogató kutatások EFOP3.10.1-17-2017-00002” című projekt.
