Az igazgatóság feladata a nemzeti integráció jövőképközpontú, összehangolt fejlesztési rendszerének (Kárpát-haza Fejlesztési Hálózat) létrehozása és működtetése. Tevékenységének középpontjában összefüggő Kárpát-medencei rendszerek és programok kezdeményezése, a tervezési, együttműködési és finanszírozási feltételek megteremtése áll. Fontos feladata az ezt szolgáló uniós fejlesztési források felhasználásának szakmai koordinációja.
A nemzetegyesítés integrált fejlesztési rendszerének egymással kölcsönhatásban álló fő pillérei: az emberi erőforrások fejlesztése, az agrár- és vidékfejlesztés, valamint a fenntartható energiagazdálkodás.
Az igazgatóság intézkedési és projektjavaslatokat fogalmaz meg a 2014-2020, 2021-2027 közötti uniós fejlesztési időszak operatív programjaihoz. Részt vesz az egyeztetési folyamatokban, javaslatokat tesz az Európai Területi Együttműködés programjaihoz és a közvetlen brüsszeli fejlesztési források elérése érdekében. Kárpát-medencei hálózatokat hoz létre, regionális szintű programokat, programsorozatokat kezdeményez.
